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LANNE
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Messagepar LANNE » 20 Nov 2011, 12:17

Bonjour à tous,

Je viens de m'inscrire sur ce forum. J'ai 71 ans. Je suis à la retraite. Pour m'amuser, je cherche à créer des jeux de construction de molécules virtuelles. Mon problème est d'animer mes molécules de façon à les faire se rencontrer pour former les molécules produites.

Jusqu'à présent, je travail sur le tableur de Open Office. Je n'arrive pas à intégrer la moindre animation.

Il y a peut-être sur ce forum quelqu'un susceptible de pouvoir m'aider. Merci.

Cordialement

Gérald

darrigan
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Re: nouvel adhérant

Messagepar darrigan » 20 Nov 2011, 19:57

Bonsoir,
Si c'est pour avoir des conseils sur l'utilisation du logiciel open office, le mieux serait de demander sur un forum spécialisé, tu aurais plus de réponses car ici c'est un forum de discussion scientifique de chimie.
Aide-toi et le forum t'aidera ! :mrblue:

LANNE
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Re: nouvel adhérant

Messagepar LANNE » 20 Nov 2011, 22:59

Bonsoir,

Merci pour votre réponse. Je suivrai votre conseil. Néanmoins, il est possible que sur ce forum quelqu'un ait animé des molécules pour rendre les phénomènes plus vivants et plus ludiques.

Amicalement

Gérald

darrigan
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Re: nouvel adhérant

Messagepar darrigan » 21 Nov 2011, 18:56

Bonsoir Gérald,

Il existe en effet des logiciels de modélisation moléculaire plus ou moins poussés, depuis celui qui est gratuit mais limité jusqu'à celui qui coûte très cher (car très complet du point de vue des méthodes de calcul quantique et propriétés), et certains permettent en effet de produire ce genre de vidéos, de molécules en train de réagir, où l'on voit les atomes se détacher, s'accrocher, voir les orbitales molécules ou la densité électronique en train d'évoluer en fonction des départs, accroches, etc.

En TP, par exemple, j'utilise un logiciel commercial, afin que les étudiants puissent construire eux-mêmes les molécules, bien les voir dans l'espace en les faisant pivoter à l'écran, optimiser leur géométrie et calculer l'énergie totale. Eventuellement aussi, imposer un angle dièdre pour étudier la stabilité relative des conformères d'une même molécule. Ça marche très bien. Par contre, je n'ai jamais pu essayer la réactivité des molécules car alors il faudrait acheter une version bien plus chère que la version de base.

Beaucoup de chercheurs utilisent des codes de calculs qui permettent d'exporter des séquences d'images pour observer un phénomène, c'est surtout le cas des codes de dynamique moléculaire, où le temps est un paramètre du calcul : simulations de Monte-Carlo, par exemple. On peut observer des transitions de phase, des déploiements/repliements de protéines, des solvatations... Sur Youtube, on trouve des exemple (au hasard) :
http://www.youtube.com/watch?v=_0QhOCDzP4I
http://www.youtube.com/watch?v=WScPbvUwDno
http://vimeo.com/2505856

Il y a un logiciel gratuit et en ligne avec lequel on peut bien s'amuser pour comprendre des phénomènes : http://mw.concord.org/modeler/
Certes, ce n'est pas du calcul moléculaire poussé, mais on peut déjà faire pas mal de choses très visuelles.
:salut:
Aide-toi et le forum t'aidera ! :mrblue:

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Re: nouvel adhérant

Messagepar bleucobalt » 23 Nov 2011, 16:50

Pour ajouter quelques précisions les "logiciels" de visualisation des molécules (logiciels : donc à installer sur une machine "en dur"), je vous signale que j'ai découvert (au cours de mes pérégrinations informatiques pour refaire le module d'étiquetage à la norme CLP/SGH), qu'il y a maintenant des moyens simples de visualiser des molécules en 2D/3D , et ce directement en ligne (donc sans installation).

Ces nouvelles façon de faire utilisent la norme web HTML5 et la nouvelle balise "Canevas", associée à du javascript très simple à mettre en œuvre .
Vous pouvez trouver quelques exemples de molécules 3D à cette adresse :

CanevasMol

Cette nouvelle façon de faire, permet aussi d'importer vos propres molécules si vous disposez de la description de la molécule aux formats .pdb, .mol, ou .sdf (l'auteur c'est contenté de ces 3 formats, mais il suffit d'adapterle code existant pour étendre à d'autres formats)
D'autre part, cette balise "canevas" permet aussi d'obtenir une image "native"(c'est à dire sans code supplémentaire) de la molécule au format .png ( c'est très pratique pour du copier/coller dans un logiciel de traitement de texte par exemple...)

On peut imaginer, que l'on peut améliorer le système assez simplement pour "visualiser" une réaction chimique et en obtenir des captures d'écran de chaque étape importante de la réaction...Pour ça il ne faudrait qu'un peu de temps de développement...

LANNE
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Re: nouvel adhérant

Messagepar LANNE » 26 Nov 2011, 12:09

Bonjour,

Merci pour ces infos. Je vais essayer de comprendre comment m'en servir :mur:

Amicalement

Gérald


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